Das Museum für Byzantinische Kunst besitzt eine erstrangige, in Deutschland unvergleichbare Sammlung spätantiker und byzantinischer Kunstwerke und Alltagsgegenstände. Der Schwerpunkt liegt auf der Kunst des Weströmischen und des Byzantinischen Reiches aus der Zeit vom 3. bis zum 15. Jahrhundert, hinzu kommt eine große Zahl nachbyzantinischer Ikonen und Kleinkunstwerke. Die Kunstwerke des Museums stammen aus nahezu allen Gegenden des antiken Mittelmeerraumes, aus Rom und Italien, aus Istanbul (dem byzantinischen Konstantinopel) und der Türkei, aus Griechenland und den Balkanländern, aus Ägypten, Nubien, Äthiopien, Nordafrika, aus den Ländern des Nahen Ostens und Russland, ganz entsprechend der Ausdehnung des West- und Oströmischen Reiches und der Staaten, die das Erbe der byzantinischen Kultur angetreten haben. Innerhalb dieses breiten Spektrums hat die Berliner Sammlung ihr unverwechselbares Profil herausgebildet, das von vier Schwerpunkten bestimmt wird: Spätantike Sarkophage und Sarkophagfragmente aus Rom bieten ein Panorama der frühen christlichen Ikonographie in der Hauptstadt des Weströmischen Reiches. Der reiche Bestand figürlicher und ornamentaler Skulptur aus dem Oströmischen Reich ermöglicht das Studium der stilistischen Vielfalt und Veränderung dieser Gattung, wie es sonst nur noch in der Sammlung des Archäologischen Museums in Istanbul möglich ist. Kostbare Elfenbeinschnitzereien und Mosaikikonen zeugen von dem hohen handwerklichen und künstlerischen Standard byzantinischer Hofkunst. Gegenstände des Alltags und der christlichen Religion aus Ägypten geben Hinweise auf das tägliche Leben und die Ausstattung liturgischer Abläufe. Darunter sind auch Bodenfunde aus organischen Materialien wie Holz und Textilien, die ihre Erhaltung dem heißen und trockenen Wüstenklima Ägyptens verdanken.  

Die Skulpturensammlung besitzt Bildwerke vom frühen Mittelalter bis zum ausgehenden 18. Jahrhundert aus den deutschsprachigen Ländern, Frankreich, den Niederlanden, Italien und Spanien. Einen Sammlungsschwerpunkt bildet die Italienabteilung. Hauptwerke mittelalterlicher Skulptur wie die Madonna des Presbyter Martinus und der Schmerzensmann von Giovanni Pisano leiten über zu Meisterwerken der Frührenaissance. Glasierte Terrakotten von Luca della Robbia, die Pazzi-Madonna von Donatello und die Bildnisbüsten von Desiderio da Settignano, Francesco Laurana und Mino da Fiesole sind Glanzpunkte der Sammlung. Ein weiterer Akzent liegt auf der spätgotischen deutschen Skulptur mit Werken von Hans Multscher, Tilman Riemenschneider, Hans Brüggemann, Niclaus Gerhaert von Leyden und Hans Leinberger. Die deutsche Renaissance- und Barockplastik ist mit Statuetten aus Alabaster und Elfenbein vertreten. Herausragend sind die monumentalen Ritterheiligen aus der Zeit des Dreißigjährigen Krieges. Darüber hinaus besitzt das Museum eindrucksvolle Beispiele baugebundener Plastik. Die Gröninger Empore ist ein Hauptwerk der deutschen Romanik. Skulpturen von Andreas Schlüter und die Gruppe von sechs Feldherrnstatuen, die für den ehemaligen Wilhelmplatz geschaffen wurde, stehen für Berliner Bildhauerkunst des 17. und 18. Jahrhunderts. Rokoko und Frühklassizismus in Deutschland sind mit Arbeiten von Ignaz Günther, Joseph Anton Feuchtmayer, Edme Bouchardon, Pierre Puget und Jean Antoine Houdon vertreten. In der Studiensammlung des neu eröffneten Bode-Museums sind zahlreiche italienische Bildwerke verschiedener Schulen, überwiegend aus der Zeit der Renaissance, zu sehen. Darunter befinden sich berühmte Stücke wie der Bronzekopf des Lodovico Gonzaga, das Kopffragment der "Prinzessin von Neapel" und die Flora-Büste, deren kunsthistorische Einordnung umstritten bzw. korrigiert worden ist. Schwerpunkte sind die Madonnenreliefs aus Ton, Stuck und Cartapesta aus dem 15. Jahrhundert, in deren Zentrum eine der bedeutendsten Madonnenkompositionen von Jacopo Sansovino aus dem 16. Jahrhundert steht, sowie einige erstmals seit dem Ende des Zweiten Weltkrieges ausgestellte Fragmente erstrangiger Bildwerke. Als besonderes Glanzlicht für zeitgenössisches bürgerliches Engagement ergänzt die "Kunstkammer Würth" mit 30 Werken aus der Sammlung des Industriellen, Kunstsammlers und Mäzens Reinhold Würth für drei Jahre in idealer Weise die Sammlung des Museums. Neben einem Kabinettschrank aus dem 17. Jahrhundert besteht der Schwerpunkt der Kunstkammer vorwiegend aus Kleinbildwerken in Elfenbein des 17. und 18. Jahrhunderts von Künstlern wie Leonhard Kern, Zacharias Hegewald, Joachim Henne, Adam Lenckhardt, Paul Egell oder Christoph Daniel Schenck. Des Weiteren finden sich in der Präsentation ein kostbarer Bernsteinaltar des 17. Jahrhunderts, eine von Paulus Ättinger teilvergoldete Silberarbeit, die eine Diana auf einem Hirsch zeigt, sowie gedrechselte Elfenbeinwerke.