Furchteinflößende Monster lauern in der Dunkelheit und machen Jagd auf diejenigen, die in die versteckte Stunde zwischen zwei Tagen - die Dunkle Stunde - verirren. Ein geheimer Schulklub namens SEES verteidigt die Menschheit gegen den Schrecken und das Unheil aus dieser Welt. Gleichzeitig versuchen die Mitglieder das Rätsel um die Dunkle Stunde ein für allemal zu lösen. Persona 3 basiert auf dem gleichnamigen Videospiel, welches auch unter dem Titel Shin Megami Tensei bekannt ist.