Das Museumsgebäude mit seinen massiven Sandsteinmauern wurde wahrscheinlich in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts als Wohnhaus errichtet. Das „Steinerne Haus“ ist heute der älteste Profanbau der Stadt Hofgeismar. Seit 1989 sind in ihm Apothekeneinrichtungen ausgestellt, die sich seit dem 18. Jahrhundert in Familienbesitz befinden.
Im Keller mit romanischem Kreuzgratgewölbe haben Laborgeräte des Apothekers ihren Platz gefunden. Unter ihnen befinden sich Nachbauten alter Destillationsöfen und Maschinen des 20. Jahrhunderts. Im ersten Obergeschoss sind neben Waagen und Gewichten Schränke und Standgefäße der Hubertus-Apotheke von 1949 zu besichtigen. Im Übrigen wird die Fläche dieser Etage für Sonderausstellungen genutzt.
Im zweiten Obergeschoss wurde – nach originalen Vorbildern der Brunnen-Apotheke – ein Verkaufsraum von 1768 rekonstruiert. Er ist mit historischen Standgefäßen aus unterschiedlichen Materialien ausgestattet. Im dritten Obergeschoss wurde die originale Einrichtung des Verkaufsraums der Sanderschen Hirsch-Apotheke von 1801, die nach Einbauten im Jahr 1871 bis 1974 in Benutzung war, wieder aufgebaut.
Die Museumsbibliothek mit Gesetzessammlungen und vielen Fachbüchern (das älteste stammt von 1582), unter anderem aus den Bereichen Pharmazie, Chemie, Physik und Botanik, ist wie die Ausstellung zugänglich. Interessierte Besucher können mit Hilfe von Stereolupen Minerale, Tiere und Pflanzen bestimmen. Auch Sammlungen von Drogen, Pflanzen und Chemikalien stehen für Studien zur Verfügung.
Im tagsüber geöffneten Museumsgarten werden Kräuter und Heilpflanzen angebaut.
