Die 1980 eröffnete Gedenkstätte befindet sich im Keller des früheren Schulgebäudes. Im Treppenhaus der Schule ist ein großes Wandbild von Prof. Jürgen Waller angebracht. Es trägt den Titel »21. April 1945, 5 Uhr morgens« und zeigt die Mordstätte am Morgen nach der Tat. Der Raum, in dem die 20 Kinder ermordet wurden, ist im ursprünglichen Zustand erhalten. In einem Nebenraum wird eine 1994 neugestaltete Ausstellung über das Schicksal der Ermordeten gezeigt. Dokumentiert werden auch die von privater Seite in den 1970er und 80er Jahren unternommenen Bemühungen um eine Aufklärung des Verbrechens sowie die Verschleppung des Strafverfahrens gegen den SS-Offizier Arnold Strippel, der das Mordkommando leitete.
Die Vereinigung »Kinder vom Bullenhuser Damm e. V.« hat hinter dem Schulgebäude einen Rosengarten angelegt, der erweitert werden kann. Jeder kann eine Rose pflanzen, um der Opfer zu gedenken. Dort steht auch ein Denkmal des Moskauer Bildhauers Anatolij Mossijtschuk für die am Bullenhuser Damm ermordeten sowjetischen Kriegsgefangenen.
