Die Geschichte der ägyptischen Sammlung der Leipziger Universität beginnt in der ersten Hälfte des 19.Jahrhunderts. 1842 wurde das erste Original, ein in der Spätzeit Ägyptens (um 711 bis v. Chr.) hergestellter Holzsarg von außerordentlicher Qualität, für die archäologische Sammlung der Universität erworben. Einige weitere Werke der Kleinkunst, vor allem aber Gipsabdrücke bedeutender Plastiken und Papierabdrücke von Reliefs, kamen hinzu. So wuchs die Lehr- und Studiensammlung im Laufe der nächsten Jahre derart an, daß sie 1874 in einigen Räumen innerhalb der alten Universität untergebracht, als "Ägyptologischer Apparat" vom Archäologischen Museum getrennt und an Sonntagvormittagen der Öffentlichkeit zur Besichtigung zugänglich gemacht wurde.
Den größten Zuwachs und ihre bleibende Prägung erhielt die Sammlung unter Georg Steindorff, der von 1893 bis 1934 Direktor des Ägyptologischen Instituts war. Seine Ausgrabungen in Ägypten erbrachten bedeutende Funde, von denen Leipzig bei der Fundteilung erhebliche Anteile zugesprochen wurden. Die Steingefäße frühdynastischer Zeit (um 2960 bis 2640 v. Chr.) aus dem südlich von Kairo gelegenen Abusir, die Königs- und Privatplastiken des Alten Reiches (um 2640 bis 2134 v. Chr.) von dem Pyramidenfeld im nahe gelegenen Gisa und Kleinkunst nubischer Provenienz aus dem zweiten Jahrtausend v. Chr., ausgegraben in dem altägyptischen Kolonialgebiet südlich des heutigen Assuan, gehören zu den besten ihrer Art in den Museen Europas.
Mit den Erträgen seiner Feldarbeit und mit weiteren Einzelstücken und Objektgruppen, die durch Schenkung, Ankauf und Tausch hinzukamen, konnte Steindorff vor dem Ersten Weltkrieg die größte ägyptische Universitätssammlung in Deutschland aufbauen. Sie war seit 1900 in einem Seitenflügel des Universitätshauptgebäudes untergebracht und nach wie vor einer größeren Öffentlichkeit zugänglich. Während des Zweiten Weltkrieges wurden die Räumlichkeiten des Museums und Teile der Sammlung zerstört, ein wichtiger Bestand an Originalen ist jedoch dank rechtzeitiger Auslagerung erhalten geblieben. Nachdem im Jahre 1970 das Gebäude Schillerstraße 6 rekonstruiert worden war, wurden in den Räumen des heutigen Museums und im Regionalmuseum kleine Sonder- und Studioausstellungen veranstaltet, bis im Mai 1976 die Dauerausstellung wiedereröffnet wurde. Seitdem dient das Museum der Ausbildung von Studenten verschiedener Fachrichtungen und steht den Wissenschaftlern des In- und Auslandes zu Forschungszwecken offen.
Die Ausstellung ist chronologisch aufgebaut. Sie umfaßt etwa 600 Originale unterschiedlicher Gattungen (Plastiken, Reliefs, Kleinkunst, Särge und andere Gegenstände des Totenkults). Handwerkliche Spitzenerzeugnisse und Massenware für den täglichen Gebrauch machen Geschichte und Kultur des Nillandes von der vordynastischen Zeit (viertes Jahrtausend v. Chr.) bis in die christliche Periode Ägyptens (erstes Jahrtausend n. Chr.) anschaulich.
