Das zweite Obergeschoss gewährt einen Einblick in die Geschichte des Tourismus von Appenzell Innerrhoden. Dazu gehört auch eine authentische Gastzimmer-Einrichtung aus dem bekannten Berggasthaus Äscher. Den Schwerpunkt bildet jedoch ein kleines Kabinett mit Werken verschiedener "Bauernmaler" aus dem 19. Jahrhundert. Johannes Hugentobler (1897 - 1955) und Viktor Tobler (1846 - 1915), zwei unverwechselbaren Künstlerpersönlichkeiten, ist je ein Zimmer gewidmet. Sie haben das Bild von Appenzell auf ihre Art mitgeprägt und in die Welt hinausgetragen.
Gegenstände der unverkennbaren Appenzeller Weissküferei sowie eine kleine Sammlung von Werken zeitgenössischer einheimischer Bauernmaler bilden den Schwerpunkt des 3. Obergeschosses. Rund um die Hobelbank, die an Ort und Stelle vorgefunden wurde, ist eine Kupferschmiede eingerichtet. In der ehemaligen Dachkammer ist eine kleine Ausstellung zu den Themen "Volksfrömmigkeit" und "Totenbrauchtum" eingerichtet.
Der 4. Stock bietet auf der einen Seite - beginnend bei den berühmten altsteinzeitlichen Wildkirchli-Funden - einen Lehrpfad durch die "Ereignis-Geschichte" Appenzell Innerrhodens. Dazu gehört auch der überaus wertvolle Fahnen- und Bannerbestand, dessen älteste Stücke aus dem 15. Jahrhundert stammen. Ebenfalls auf diesem Stockwerk wird eine Sammlung von religiösen Kunstgegenständen gezeigt. Dazu kommt eine "gute Stube", die mit Möbeln und Kunsthandwerken aus mehreren Jahrhunderten ausgestattet ist. Auf diesem Geschoss ist auch das Prunkstück des Museums zu finden: der Ende 19. Jahrhundert auf kuriosen Wegen nach Appenzell gelangte ägyptische Holzsarg.
Im grössten und von der Architektur her eindrücklichsten Raum des Museums ist die umfangreiche internationale Stickerei-Sammlung untergebracht. In deren Zentrum stehen Spitzenerzeugnisse der für Appenzell Innerrhoden einst wichtigen Handstickerei. Dazu gesellen sich die Innerrhoder Trachten, die in verschiedener Hinsicht eng mit der Appenzeller Handstickerei verbunden sind.
Mit Staat und Recht kann das Thema des obersten Stockwerkes umschrieben werden. Dazu gehören das berühmte Blockgefängnis von 1570 sowie verschiedene Folter- und Strafvollzugs-"Instrumente". Eine umfassende Sammlung einheimischer Münzen und Münzstempel sowie von selten gesehenen historischen Instrumenten des kantonalen Eichamtes runden den Themenkomplex ab.
