Im Jahr 1865 richtete die Ludwig-Maximilians-Universität in München einen Lehrstuhl für Klassische Archäologie neu ein. Dadurch sollte die Erforschung der Antike und Pflege der hiesigen Originale erstmals in fachmännische Hände gelegt werden. Für diese große Aufgabe sollte ein Photoarchiv und eine Abgußsammlung als Arbeitsmittel aufgebaut werden. Bis 1877 war die Sammlung mit inzwischen 379 Abgüssen beim Münzkabinett im ehemaligen Jesuitenkolleg bei St. Michael gelagert. Es dauerte bis 1932, ehe die Sammlung, mittlerweile eine der drei größten in Deutschland, in die Ausstellungsräume in den nördlichen Hofarkaden der Residenz einziehen konnte. Bis zum systematischen Wiederaufbau des Museums verstrichen über 30 Jahre. 1976 legte man das Haus der Kulturinstitute an der Meiserstraße als neuen Standort fest. Über die heutigen, einzigartigen Ausstellungsflächen verfügt das Museum erst seit etwa 10 Jahren und gehört mit seinen rund 1780 Abgüssen wieder zu den vier größten in Deutschland.
