Die Geschichte der Nikolaikirche reicht in die Gründungsphase Berlins zurück, aus der noch der Unterbau des Turms erhalten ist. Ihre überlieferte Gestalt erhielt sie vom 13. bis 15. Jahrhundert sowie 1876-1878 durch eine umfassende Regotisierung
Die Dauerausstellung geht auf die bau- und kirchengeschichtliche Rolle der Nikolaikirche ein und dokumentiert ihre Bedeutung für die Stadtgeschichte und erinnert an das Wirken einiger, mit der Kirche eng verbundener berühmter Persönlichkeiten.