Am 29. Oktober 1922 wurde das Naturkundemuseum Erfurt im "Haus zum Stockfisch" in der Johannesstraße aus der Taufe gehoben. Seine Gründungsväter waren seit 1919 in einer Arbeitsgemeinschaft Gleichgesinnter vereint. In der Ausstellung versuchte man Pflanzen und Tiere in ihren Wechselbeziehungen zur Umwelt darstellen. Die Art der Präsentation fand viel Anklang und Beachtung - auch außerhalb Erfurts.
Doch die Entwicklung wurde durch den zweiten Weltkrieg jäh unterbrochen. 1943 wurden die meisten Bestände in fünf umliegende Dörfer ausgelagert. Und am 11. November 1944 fielen die nicht ausgelagerten Sammlungsstücke der Zerstörung durch eine Luftmine zum Opfer.
Nach Abriss des Depotgebäudes und nach Ankündigung, dringende Rekonstruktionsarbeiten am "Haus zum Stockfisch" machen zu müssen, wurden die erhaltenen Exponate erneut ausgelagert und hatten eine Odyssee durch feuchte Keller, zugige Lagerräume, verdreckte Dachböden und eine offen stehende Kirche vor sich. Die so entstandenen Schäden übertrafen die Kriegsverluste bei Weitem.
Ohne ein existierendes Museumsgebäude wirkten seit 1980 wieder drei Mitarbeiter im sogenannten Pfründnerhaus am Volkskundemuseum in äußerst beengten Räumen. Der Erfurter Rat beschloss den Neuaufbau des Naturkundemuseums in der Ruine des Waidspeichers in der "Großen Arche".
Nach 27 Jahren der Schließung öffnete das neue Naturkundemuseum in Erfurt am 4. März 1995 wieder seine Pforten.
Das Naturkundemuseum bietet in seinen drei Dauerausstellungen anhand zahlreicher Exponate einen fundierten Überblick über den "Naturraum Thüringen", die Problematik der Erhaltung des Lebens ("Arche Noah") sowie Kostbarkeiten aus dem Mineralbereich (Sammlung Schwethelm).
