Die Geschichte des Schwulen Museums beginnt im Jahr 1985 im Berlin Museum, dem heutigen Märkischen Museum. Auf Initiative der drei studentischen Museumsaufsichten Andreas Sternweiler, Wolfgang Theis Und Manfred Baumgardt ließ sich der damalige Direktor des Museums zu einem innovativen Schritt überreden. Sie hatten Ihm vorgeschlagen, eine Ausstellung über homosexuelle Männer und Frauen in Berlin zu erarbeiten und im Berlin Museum zu präsentieren. Im Sommer 1984 fand dann die legendäre Ausstellung Eldorado – Geschichte, Alltag und Kultur homosexueller Frauen und Männer 1850-1950 im Berlin Museum statt, kuratiert von den Initiatoren in Zusammenarbeit mit einer Gruppe lesbischer Aktivistinnen. Mit über 40.000 Besucher_innen war die Ausstellung ebenso erfolgreich wie umstritten. Im Anschluss an den Erfolg der Ausstellung reifte der Entschluss zur Gründung des Schwulen Museums. Es sollte ein dauerhaftes Eldorado geben, nicht nur als eine einmalige Sensation im Stadtmuseum, sondern als eigenes Haus, einem Schwulen Museum. Am 6. Dezember 1985 wurde der „Verein der Freunde eines Schwulen Museums in Berlin e.V.“ gegründet. In den Räumen der Allgemeinen Homosexuellen Arbeitsgemeinschaft AHA in der Friedrichstraße legte man den Grundstock für eine Museumsbibliothek und ein Archiv, und hier fand auch 1986 die erste Ausstellung statt: „Igitt - 90 Jahre Homopresse“. Die ein Jahr später für touristische Zwecke aufwendig inszenierten Feierlichkeiten zum 750. Gründungsjubiläum Berlins nutze das Schwule Museum für einen frechen Zwischenruf und zeigte die Ausstellung „750 warme Berliner“.
1988 zieht das Museum schließlich in das Hinterhaus am Mehringdamm 61 und in dessen Räumen von nun an mehr als 130 Ausstellungen realisiert werden. Im Laufe der Jahre entwickelt sich das Schwule Museum zu einer national wie international gefragten Institution. Vom Deutschen Historischen Museum in Berlin bis zum United States Holocaust Memorial Museum in Washington gibt es Anfragen für Leihgaben. Wissenschaftler_innen aus aller Welt nutzen das Archiv und Universitäten und Forschungsinstitute kooperieren mit dem Museum.
Die erfolgreiche Arbeit am Schwulen Museum hat dazu geführt, dass die Sammlungen, Archive und die Bibliothek zunehmend wuchsen und der Raum knapp wurde. Im Frühjahr 2013 zog das Museum schließlich in das Gebäude in der Lützowstrasse 73 in Berlin-Tiergarten.
