Die UB Leipzig entstand im Gefolge der Reformation im albertinischen Sachsen. Als der Klosterbesitz neu verteilt wurde, schenkte Herzog Moritz von Sachsen der Universität auf Betreiben ihres Rektors Caspar Borner im Juni 1543 Grundbesitz und Gebäude des Paulinerklosters in Leipzig. In den Räumen des Paulinums führte Caspar Borner die Büchersammlungen von 4 Leipziger Stadtklöstern und weiteren aufgelösten Klöstern aus Sachsen und Thüringen zusammen. Damit begann die eigenständige Geschichte der UBL.
Für die ca. 5.000 Bände Druckschriften und ca. 750 Handschriftenbände (1500 Titel) wurde ein Katalog erstellt, dem im Laufe der Jahrhunderte mit dem Anwachsen der Bestände weitere folgten. Die Bibliothek war vorwiegend eine Gelehrtenbibliothek, für die ein Magister oder ein Professor nebenamtlich tätig war. Besondere Verdienste erwarb sich Joachim Feller, Bibliothekar seit 1675. Er integrierte weitere Büchersammlungen der Universität und gab einen gedruckten Handschriften-Katalog heraus. In die Amtszeit Christian Gottlieb Jöchers (1742 - 1758), bekannt als Herausgeber eines Gelehrtenlexikons, fällt die Erstellung eines alphabetischen Gesamtkataloges.
Seit dem Jahre 1833 unterstand die Bibliothek dem Ministerium für Kultus und öffentlichen Unterricht. Ernst Gotthelf Gersdorf wurde 1833 erster hauptamtlich tätiger Direktor der UBL. Er reorganisierte die Bibliothek nach wissenschaftlichen Grundsätzen. Die erhebliche Zunahme der Verlagsproduktion und die Übernahme großer Büchersammlungen - darunter die Goethe-Sammlung des Verlegers Salomon Hirzel - führten 1891 zum Umzug in den Bibliotheksneubau in der Beethovenstraße. Das Gebäude im Stil der Neorenaissance wurde nach Entwürfen des Architekten Arwed Rossbach erbaut.
Die Bibliotheca Albertina wurde 1945 zu zwei Dritteln zerstört. Die ausgelagerten Bestände und Kataloge blieben jedoch weitgehend unversehrt. Bis 1955 wurde ein Teil der zerstörten Magazine wieder aufgebaut. Danach fehlten fast 40 Jahre die finanziellen Mittel für die Rekonstruktion des Gebäudes. Im Herbst 1992 begann nach eineinhalbjähriger Planung der Wiederaufbau der Bibliothek.
Seit Oktober 2002 ist die Bibliotheca Albertina als Hauptbibliothek, geisteswissenschaftliche Zentralbibliothek und Archivbibliothek wieder voll funktionsfähig . Gegenwärtig stehen ca. 200 000 Bände in Freihandaufstellung sowie 780 Leseplätze zur Verfügung.
